Le ricerche teoriche hanno come scopo lo studio dei fenomeni dei meccanismi di riconoscimento chirale nelle colonne HPLC utilizzando le metodologie della chimica teorica e della statistica.

Le figure sottostanti rappresentano degli esempi tipici di arrangiamenti a più bassa energia tra un selettore di una colonna chirale (Whelk-O1) e un ligando. In questo tipo di calcoli di modellizzazione molecolare le interazioni tra la fase stazionaria e i ligandi sono calcolati direttamente. (Chirality, 2004, 16, S1-S11)

A destra sono rappresentati gli arrangiamenti ottenuri con l'enantiomero formante i complessi più stabili con la fase stazionaria chirale (secondo eluito dalla colonna). A sinistra invece sono mostrati gli arrangiamenti con la fase stazionaria chirale e il primo eluito dalla colonna che genera i complessi diastereomerici meno stabili.

Utilizzando i dati estratti dal database ChirBase, è possibile raccogliere mappe in tre dimensioni di frammenti molecolari che si presuppone possano interagire con la fase stazionaria chirale. Questi frammenti, chiamati "enantiofori", sottolineano il carattere specifico di certe fasi stazionarie per la separazione di gamme più o meno definite di molecole.
(Chirality, 2005, 17, S74-S83)

A sinistra: Esempio di enantioforo presente in molti ligandi ben separati in una colonna chirale Chiral-AGP.